زيرکونيم در سال 1789 توسط Martin Heinrich Klaproth كشف شد و در سال 1824 توسط Jons Jakob Berzelius جداسازي آن انجام گرفت. زيركونيم موجود در كاني زيركن يا انواع ديگر آن (Jacinth, hyacith, Jargon يا Ligure‌ ) مي باشند كه در نوشته هاي كتب مقدس به آن اشاره شده است.
تا آن زمان نمي دانستند كه اين كاني حاوي يك عنصر جديد است، Klaproth يك Joagon را از Ceylon در اقيانوس هند تجزيه نمود. او اين عنصر جديد را Zirconia يا Zirkonertz ناميد.
فلز ناخالص در ابتدا توسط Berzelius و با حرارت دادن يك مخلوط پتاسيم و فلوريد پتاسيم- زيركونيم در يك فرآيند فروپاشي كوچك در يك لوله آهني تفكيك شد. زيركونيم خالص تا سال 1914 آماده سازي نشده بود.